Entre as espécies endêmicas do arquipélago dos Alcatrazes também estão exemplares de bromélias, recentemente descritas por pesquisadores
O litoral norte de São Paulo, além de belas praias que atraem visitação o ano inteiro, possui um refúgio da biodiversidade, que abriga mais de 1.300 espécies, algumas endêmicas, ou seja, que só ocorrem em suas ilhas e sofrem risco de extinção. Entre os raros habitantes do arquipélago dos Alcatrazes, em São Sebastião, está a jararaca-de-alcatrazes (Bothrops alcatraz), a perereca-de-alcatrazes (Ololygon alcatraz) e a rã Cycloramphus faustoi, as três com existências ameaçadas.
Enquanto a serpente está criticamente em perigo (CR), os dois anfíbios são classificados como vulneráveis (VU) na Lista Nacional de Espécies Ameaçadas de Extinção, atualizada pela Portaria do Ministério do Meio Ambiente nº 148, de 7 de junho de 2022. Para dimensionar a gravidade, quando a espécie é categorizada como CR, significa que corre risco extremamente elevado, abaixo somente da própria extinção.
Em informações divulgadas em 2019, especialistas do Centro Nacional de Pesquisa e Conservação de Répteis e Anfíbios (RAN) afirmaram que o habitat na ilha foi, por muito tempo, afetado pelos treinos de tiros de canhão, que, eventualmente, causavam incêndios na área florestal. Por isso, os esforços de diversas instituições públicas, entidades e pesquisadores contribuíram para que a Marinha mudasse a área de treinos.
Segundo informações do ICMBio, a espécie é parente próxima da jararaca continental (Bothrops jararaca), e acredita-se que o isolamento ocorreu no período do Pleistoceno, o que levou a espécie insular a se adaptar e se diferenciar de outras jararacas.
Comparada às espécies continentais, o tamanho da jararaca-de-alcatrazes também é menor, com comprimento de 36 a 46 centímetros entre os machos, e de 36 a 50 centímetros entre as fêmeas. A coloração da espécie é mais escura, além de apresentar cauda mais curta e cabeça alongada. Por causa da ausência de roedores em Alcatrazes, a alimentação desta serpente é baseada em centopeias, lacraias, pequenos lagartos e anfíbios, a que também é atribuído o seu tamanho menor.
Os indivíduos documentados medem entre 18,8mm e 20,7mm, entre os machos, e 22,4mm e 25,1mm, entre as fêmeas. Essa espécie de anfíbio é bromelícola, ou seja, utiliza bromélias para completar seu ciclo de vida, e é distribuída em diversas partes de Alcatrazes. Para colaborar com a preservação, o Zoológico de São Paulo desenvolve um projeto denominado Conservação ex situ de Scinax alcatraz, e obteve sucesso com a reprodução de indivíduos. O intuito da iniciativa é criar bancos genéticos vivos para a possibilidade de reintroduções. O motivo de o nome do projeto se referir a Scinax alcatraz é porque o nome da espécie foi alterado após a iniciativa, para Ololygon alcatraz, depois da conclusão de estudos filogenéticos, conforme informações do Zoológico de SP.
A única população desta rã é conhecida no Saco do Funil, em Alcatrazes, em habitat diferente da Scinax alcatraz. Os machos medem de 31,2mm a 37,9mm e, as fêmeas, de 41,6mm a 44mm. A reprodução ocorre de modo especializado, e tanto machos quanto fêmeas foram encontrados em fendas de rochas, onde também colocam e cuidam de suas ninhadas.
Uma das formas de preservar todas as espécies, das quais 100 ameaçadas de extinção, foi transformar a área em unidade de conservação (UC) e, em 2016, foi denominado Refúgio da Vida Silvestre do Arquipélago de Alcatrazes (Refúgio de Alcatrazes), sob a administração do Instituto Chico Mendes de Conservação e Biodiversidade (ICMBio). Por isso, a visitação pública ocorre apenas com empresas de turismo cadastradas e condutores autorizados pela entidade, responsáveis pela segurança, orientações e informações sobre o local.
Além de beleza estonteante, o Refúgio dos Alcatrazes é área de ocorrência de baleias, golfinhos e aves marinhas, e existem duas possibilidades para ver de perto esse recanto do litoral norte: a visita embarcada e o mergulho autônomo. Conforme informações da ICMBio, na primeira, há possibilidade de paradas para mergulho de flutuação (snorkeling), observação da fauna e registro de imagens. Ali, podem dar as caras também animais como tartaruga-verde (Chelonia mydas), tartaruga-de-pente (Eretmochelys imbricata) e peixes que nadam na superfície como o peixe-lua (Mola mola) e o tubarão-martelo (Sphyrna lewini).
Já o mergulho é uma forma de contemplar o ambiente marinho submerso, que pode ser livre ou com equipamentos Scuba, em 10 pontos do Refúgio de Alcatrazes. A visibilidade costuma ser boa entre 5m a 30 metros, conforme a época do ano, no entanto, entre novembro e maio há melhores condições climáticas e oceanográficas para essa atividade.
Para quem pretende observar os cetáceos, como a baleia-de-bryde e golfinhos, estes são incidentes o ano inteiro, já a baleia-jubarte é mais comum entre o outono e inverno, assim como aves marinhas pelágicas, como albatrozes e petréis.