Nome surgiu da língua tupi

Antes da chegada dos portugueses, essas terras eram habitadas por índios e eles as chamavam de "Buriquioca". "Buriqui" quer dizer macaco, e oca significa casa, morada; ou seja, "morada dos macacos". Com o tempo, a palavra "buriquioca" sofreu modificações e transformou-se em "Bertioga", que é o nome do município.

 Teoria - Os estudos de Leonardo Arroyo referentes à origem do nome Bertioga citam haver uma tendência geral em aceitar que o nome vem de "Bariguioca", do mosquito "Barigui", ou "Birigui", inseto abundante na região. Então, o vocábulo passaria a se transformar até "Beriqui-oca" e facilmente, conforme a lógica das leis de evolução das palavras para Bertioca e, finalmente, Bertioga.

Hans Staden, que viveu algum tempo na região, prisioneiro dos índios, registrou o termo "Brikioka" como sendo atribuído a um morro aí existente, assim chamado pelos aborígenes. Na escritura datada de 1560, passada em favor de Domingos Garocho, figura o morro com o nome de "Buriquioca". Francisco Martins dos Santos, em seus trabalhos sobre o mesmo tema, afirma que "Buriquioca" não quer dizer tão somente "morada de macacos", mas "morada de macacos grandes".

Teodoro Sampaio, em seus estudos acerca do idioma tupi, na toponímia geográfica brasileira, afirma: "Buriqui" é corruptela de "Myra-qui", "gente que se bambaleia, que vai e vem". Nome de uma espécie de símios amarelados das matas do litoral, conhecidos  cientificamente por "Ateles hypoxathus, Neuw".