
Corria calmamente o ano de 1531 quando, após uma viagem através do Atlântico Sul e região do rio Prata, as naus de Martim Afonso de Souza, primeiro governador do Brasil, recolheram suas velas em frente às acolhedoras águas de "Burikioka" que, no idioma tupi, significa "morada dos macacos". Embora Martim Afonso tenha achado o local muito lindo, com densas matas tropicais que iam, em ondas verdes, morrer no azul do alto da serra que recortava o horizonte, não deixou de ser prudente em aceitar os conselhos de João Ramalho, que mudaram o rumo da história do Brasil, pois as naus de Martim Afonso foram deslocadas para o sul, região de Tumiarú, na qual São Vicente foi fundada em 22 de janeiro de 1532.
Bertioga, embora perdesse a oportunidade de ter sido a primeira cidade do Brasil, teve destaque brilhantíssimo em nossa história. Hans Staden, famoso artilheiro alemão, naufragou por duas vezes nas costas do Brasil, em 1540. Primeiramente junto a Paranaguá e, posteriormente, nas águas de Itanhaém, de onde os tupiniquins o conduziram para São Vicente.
Após travar conhecimento comum, seu patrício de nome Heliodora Hesse, encarregado do engenho de açúcar de propriedade do genovês José Adorno, conseguiu, nessa ocasião, ser nomeado para o comando de uma simples trincheira mandada construir, em Bertioga, por Martim Afonso. Segundo as anotações de Hans Staden, o forte fora levantado por cinco irmãos mamelucos, filhos do português Diogo Braga: João, Diogo, Domingos, Francisco e André. Em 1547, a paliçada de madeira foi substituída por alvenaria de pedra e cal e seu aspecto atual é consequência das reformas realizadas e terminadas em 1699.
Lutas - Nas lutas entre colonizadores e tamoios, os padres José de Anchieta e Manoel da Nóbrega faziam o papel de apaziguadores. Mas, em 1547, os indígenas, com 70 canoas, assaltaram a fortificação, sendo repelidos pelos soldados que guarneciam aquele baluarte. Em janeiro de 1565, Estácio de Sá fundou a cidade do Rio de Janeiro, tendo sua esquadra partido de Bertioga. Guarnecido pelo Exército até os últimos anos do século XIX, sua última ocupação militar foi como quartel de pelotões de vigilância do 4° e 62 º Batalhões de Caçadores durante a 2ª Guerra Mundial (1939/1945). Alojou, depois, o destacamento local da então Força Pública, atual Polícia Militar do Estado de São Paulo.
A partir de 1958, com autorização dos ministérios da Guerra, da Marinha e da Fazenda, passou a sediar o Museu João Ramalho, do Instituto Histórico e Geográfico Guarujá-Bertioga, por iniciativa da presidente daquele instituto, Lúcia Piza Figueiredo de Melo Falkengerg. A partir de 1962, foi transferido, juntamente com outras construções militares, para a jurisdição do Ministério da Educação e Cultura e Serviço do Patrimônio Artístico e Histórico Nacional, atualmente Instituto Brasileiro do Patrimônio Cultural.